《联合国海洋法公约》特别强调保护和保全海洋环境的重要性。《公约》第十二部分完全是有关海洋环境保护问题。在国际海底方面，《公约》第十一部分确定了国际海底管理局在这一区域内的职能，其中有19处提到环境。

管理局成立以来，一直将环境保护作为其主要优先事项之一。迄今管理局共举办的7次研讨会中，4次是关于深海底环境问题。第1次研讨会讨论制定多金属结核勘探的环境指南；第4次研讨会有关环境数据与资料标准化问题；第5次研讨会有关深海环境研究的国际合作；第7次研讨会讨论制定海底多金属硫化物和富钴结壳勘探的环境指南。

管理局处理的多金属结核勘探方面的三个实际环境保护问题是：海底勘探活动可能造成何种程度的环境影响；使用哪些基线来测量人类活动前的环境状况，以及应如何监测其后发生的变化；对有关的自然过程和人源（人类引起）过程进行何种研究。迄今为止，注意力主要放在勘探活动上，因为结核矿床的实际开采很可能要在几十年之后。尽管如此，有关研讨会也预测了采矿活动可能造成的影响，期望工程人员在设计采矿系统时会尽力查明和减少这些影响。

管理局通过制订规章建立深海环境保护的法律体系，并正在通过研讨会等方式积极推进深海底环境方面的国际合作研究。